Els pous de gas sovint es perfilen a través o a prop dels aqüífers, i les queixes sobre l’aigua del pou contaminat no són poc freqüents. Una de les portes freqüentment expressades, sobretot en zones on el fracking és nou, és que la fracturació de la roca subterrània permetrà que els líquids contaminats i el gas d’esquist alliberat per migrar cap amunt des del dipòsit de esquistos i cap al nivell freàtic. Els funcionaris de la indústria insisteixen i la majoria dels funcionaris mediambientals estan d’acord, que això és extremadament poc probable. Un treball de frack típic es fa a profunditats de 1.500 a 2.500 metres (5, 000 a 8, 000 peus). Entre el dipòsit d’esquist i el sòl d’un aqüífer (que normalment no es troba més que uns quants centenars de metres sota la superfície) hi ha nombroses capes de roca que evitarien la infiltració de gas i que alguns científics creuen que hi ha una possibilitat, en algunes formacions geològiques, que el gas d’esquist alliberat pot seguir les falles existents i les fractures cap amunt a la taula del fred. Un escenari més probable suggerit per alguns científics podria ser la difusió del gas d’esquist a través de pous antics i en desús que no s’han caigut o connectat adequadament. Una de les causes freqüents de la contaminació local és la carcassa defectuosa a la part d’un pou de gas actiu que passa per un aqüífer, permetent que els gasos i els líquids de producció passin al subministrament d’aigua.
El 2010 Gasland, una pel·lícula documental nord -americana crítica de Fracking, va crear una sensació amb el seu metratge d'una aixeta de cuina que va fer flames a Fort Lupton, Colorado. L’èxit de la pel·lícula (nominada a un premi acadèmic) va inspirar diversos vídeos d’imitació a Internet. Aquests esdeveniments podrien ser traçables a la perforació, que en moltes ocasions ha pertorbat les butxaques de gas anteriorment desconegudes situades a prop dels aqüífers, permetent que el gas de metà penetrés aigua en concentracions superiors al normal. Tanmateix, aquestes pertorbacions es poden crear perforant gairebé qualsevol tipus, ja sigui per gas, petroli o fins i tot aigua del pou. Per aquest motiu, els funcionaris de la indústria, tot i que van reconèixer que els procediments de perforació haurien de mantenir -se amb estàndards estrictes, no obstant això, insisteixen que les condicions explosives gairebé segur que no serien causades directament per la fractura hidràulica dels dipòsits de esquistos profundament sota terra.
